二世帯住宅の場合、相続税の申告で居住用宅地として80%の減額の特例が使えない場合があると聞きましたが･･･

区分所有していなければ、特例は使えます。

平成25年以前はセパレートタイプの二世帯住宅の場合、親の居住部分のみしか減額の特例が使えない場合がありましたが、平成26年1月1日より内扉や内階段がなくても区分所有の建物でない限り全ての居住用敷地について減額の特例を受けることが出来るようになりました。

但し、区分所有の建物で、親子それぞれ別に所有権をお持ちの場合は特例を受けることができません。
生前に対策が必要です。

居住用敷地や事業用敷地の減額の特例は、条件が整わないと特例を受けることができません。
詳しくは当事務所にお問い合わせ下さい。